Erinevate riigiorganite osatähtsus: SA Keskkonnainvesteeringute Keskus, Keskkonnaministeerium ja Rahandusministeerium
Keskkonnaministeeriumi tellimusel valmistati kohalike omavalitsuste ja SA Keskkonnainvesteeringute Keskusega (KIK) koostöös ette Ühtekuuluvusfondi rahataotlused, millega Rahandusministeeriumi vahendusel sai eesmärgiks saada Euroopa Komisjonilt tagastamatut abi Eesti veemajanduse infrastruktuuride arendamiseks. KIKi roll on käesoleva projekti raames olla edaspidi riigipoolse 5% investeeringu rahastaja.
Erinevate riigiorganite kontrollfunktsioon ASi Emajõe Veevärk tegevuse üle teostades ÜF projekti on kolmetasandiline. Koostöö probleemide ja küsimuste lahendamisel toimub KIKi ja Keskkonnaministeeriumite erinevate osakondade esindajatega. Kontrolliüksused seejuures on KIK-e projektiauditi üksus (ka siseaudiitor) ja Keskkonnaministeeriumi siseauditi osakond (SAO). Teise ringi kontrolli projekti arengu ja sellealase Emajõe Veevärgi, KIK-e ja Keskkonnaministeeriumi tegevuse ning projekti eesmärkide täitmise üle teostavad Rahandusministeeriumi Finantskontrolli osakond ja Riigikontroll. Kolmanda tasandi kontroll käib väljastpoolt Eestit – Euroopa Kontrollikoda (Court of Auditors).